O Instituto Histórico-Cultural da Aeronáutica (INCAER) foi criado a 27 de junho de 1986, com sede na antiga estação de passageiros de hidroaviões, junto ao Clube da Aeronáutica, Rio de Janeiro.
Desde a década de 1920, ansiava-se pela criação de um órgão que se encarregasse de "coligir documentos, provas e ilustrações", nas palavras de Domingos Barros (representante da Inteligência Aeronáutica), de forma a se constituir uma Memória aeronáutica brasileira.
Com a transferência definitiva, em 1971, da Academia da Força Aérea do Campo dos Afonsos para Pirassununga, foi criado naquele, berço da Aviação brasileira, o Museu Aeroespacial (MUSAL). Além disso, havia outros centros possuidores de documentos históricos, dispersos pelo Brasil, e que careciam de uma integração para melhor servirem àquela memória.
O Instituto foi idealizado pelo Ten.-Brig.-do-Ar Deoclécio Lima de Siqueira (veterano de missões de patrulhamento anti-submarino durante a Campanha do Atlântico na IIª Guerra Mundial), o qual foi também seu primeiro Diretor (de 1986 a 1992). O INCAER teve o MUSAL a si subordinado, de forma a permitir a maior integração possível nas atividades de preservação da memória aeronáutica.
O INCAER é administrado pela sua Diretoria, atualmente chefiada pelo Ten.-Brig.-do-Ar Octavio Julio Moreira Lima; e um Conselho Superior, cujos conselheiros ocupam as cadeiras dos Patronos.