A fachada da Igreja é retilínea e não deixa imaginar a riqueza barroca de seu interior, todo em talha dourada. Além dessas caracteristicas barrocas, destacam-se ainda, no estilo, a utilização dos espaços, os grandes santos da nave, os capitéis, os púlpitos, os efeitos de claro e escuro e a dramaticidade dos tons avermelhados nas superficies de fundo.
O predio do mosteiro, construídos pela Ordem dos beneditinos, possui três pavimentos com ambientes ricamente trabalhados. A portaria e revestida de azulejos portugueses do século XVI, assim como a capela da Albadia e do Santíssimo Sacramento, esta tendo como relíquia uma talha em estilo rococó. O claustro é de acesso restrito. O mosteiro possui uma biblioteca e um arquivo dos mais importantes da cidade, aberto ao público.
A igreja sofreu reformas ao longo dos séculos XVIII, XIX e XX, mas que não a descaracterizaram. No século XIX foi construído um prédio ao separado destinado ao Colegio de São Bento, um dos mais tradicionais da cidade. A igreja do Mosteiro é de rica beleza, e, aos domingos, os monges beneditinos entoam, as 10 horas, o tradicional canto gregoriano.
